A história da vila data do início da colonização brasileira. A vila foi criada em 1534, quando as capitanias hereditárias foram instauradas pelo Império Português como forma de ocupação, administração e exploração de terras, levando à criação da Vila de Nossa Senhora da Pena de Porto Seguro.Em 1549, Tomé de Souza (primeiro Governador Geral do Brasil) e um grupo de jesuítas desembarcaram nas praias do sul da Bahia em três naus, chamadas Conceição, Salvador e Ajuda, sendo estas as inspirações para os nomes das novas vilas.

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Na década de 1970 os hippies descobriram Arraial d’Ajuda, e a partir daí o vilarejo ganhou fama e entrou definitivamente para o circuito turístico brasileiro. Mas o que muita gente não sabe, é que aqui se encontra o Santuário Mariano mais antigo do Brasil. A primeira capela possuía apenas com um altar móvel, um crucifixo, a imagem de Nossa Senhora trazidos de Portugal, e os móveis e objetos eram cobertos por folhas de palmeiras. A estrutura atual do Santuário de Nossa Senhora d’Ajuda foi erguida em 1722, e embora muitas reformas tenham sido feitas ao longo dos anos, a igreja conserva até hoje alguns de seus elementos originais.

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Atualmente, Arraial é considerada um dos destinos mais visitados do Brasil, e ainda que tenha sofrido diversas transformações com a gentrificação e a especulação imobiliária, a vila conserva bem suas belezas naturais, como o Rio Buranhém, que a separa do Centro de Porto Seguro, belas praias com vegetação de coqueirais, restingas e porções de mata atlântica, rios que desembocam no mar, falésias e piscinas naturais que formam paisagens únicas!